Ο Δρ. Μανώλης Μπουντιούκος αποφοίτησε από την ιατρική σχολή του Αριστοτέλειου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης το 1993. Μετά από την εκπλήρωση της Υπηρεσίας Υπαίθρου (Αγροτικό), ξεκίνησε το 1994 το γενικό μέρος της ειδικότητας Καρδιολογίας στο Μποδοσάκειο Νοσοκομείο Πτολεμαΐδας. Στη συνέχεια, υπηρέτησε ως οπλίτης ιατρός για 18 μήνες, και το 1998 ξεκίνησε το ειδικό μέρος της εξειδίκευσης στην Καρδιολογία, στο Γ.Π.Ν. Γ. Παπανικολάου Θεσσαλονίκης. Έλαβε τον τίτλο της ειδικότητας το 2001, μετά από επιτυχείς εξετάσεις. Παράλληλα με την ειδικότητα, παρακολούθησε το διάρκειας ενός έτους σεμινάριο Επείγουσας Ιατρικής που διοργανώνει το Εθνικό Κέντρο Άμεσης Βοήθειας (Ε.Κ.Α.Β.) και έλαβε πιστοποιητικό επάρκειας στην Επείγουσα Προνοσοκομειακή Ιατρική.
Τον Σεπτέμβριο του 2001 έγινε δεκτός ως Research Fellow στο Thoraxcenter του Erasmus MC του Ρότερνταμ Ολλανδίας. Εκεί έλαβε εξειδίκευση στις νεώτερες τεχνικές υπερήχων, με έμφαση στη δυναμική ηχοκαρδιογραφία (stress echo), πραγματοποιώντας πάνω από 700 εξετάσεις. Παράλληλα, διενήργησε τη διδακτορική του διατριβή (PhD) με θέμα “Dobutamine stress echocardiography: beyond traditional uses” που παρουσίασε επιτυχώς τον Δεκέμβριο 2004, λαμβάνοντας τον τίτλο του διδάκτορος Καρδιολογίας του πανεπιστημίου Erasmus.
Έχει συμμετάσχει σε μεγάλο αριθμό ερευνητικών εργασιών, με 29 μελέτες δημοσιευμένες σε διεθνή περιοδικά υψηλού κύρους. Διετέλεσε ομιλητής και παρουσίασε πληθώρα μελετών σε ελληνικά και διεθνή συνέδρια, ενώ δύο ερευνητικές του εργασίες έχουν βραβευθεί σε Πανελλήνια Καρδιολογικά Συνέδρια. Συμμετείχε ως συγγραφέας σε δύο διεθνή επιστημονικά συγγράμματα Καρδιολογίας. Είναι μέλος της Καρδιολογικής Εταιρίας Βορείου Ελλάδος, της Ελληνικής Καρδιολογικής Εταιρείας, και της Ομάδας Ηχωκαρδιολογίας Ελλάδος (echo working group). Επίσης, το 2006 αναγορεύθηκε σε Fellow of the European Society of Cardiology (FESC).
Από τον Σεπτέμβριο του 2003 εργάζεται στην πόλη της Κοζάνης ως ιδιώτης ιατρός, διατηρώντας ιατρείο στην οδό Ελευθερίου Βενιζέλου 2. Διενεργεί όλο το φάσμα των καρδιολογικών εξετάσεων (ΗΚΓ, έγχρωμο Triplex καρδιάς, δοκιμασία κόπωσης σε κυλιόμενο τάπητα, 24/48ωρη παρακολούθηση καρδιακού ρυθμού και 24ωρη καταγραφή αρτηριακής πίεσης), ενώ επιπροσθέτως διενεργεί δυναμική ηχοκαρδιογραφία σε εργομετρικό ποδήλατο (exercise stress echo). Ιδιαίτερη έμφαση δίνεται στην προληπτική Καρδιολογία και στην καταπολέμηση των καρδιαγγειακών παραγόντων κινδύνου, με σκοπό όχι μόνο τη θεραπεία, αλλά κυρίως την αποφυγή εκδήλωσης της καρδιαγγειακής νόσου.
Είναι παντρεμένος από το 1997, και έχει τέσσερα παιδιά.